생물정보/Metagenome (2) 썸네일형 리스트형 [QIIME2] QIIME2 실습 - (2) 데이터 전처리 📖목차1. [QIIME2] QIIME2 실습 - (1) 데이터 준비 및 데이터 Import1. Cutadapt로 Primer 제거 ✂️🔗Cutadapt는 주로 시퀀싱 데이터에서 Primer 시퀀스를 제거하는 데 유용함 프라이머 정보Forward(341F) - CCTACGGGNGGCWGCAGReverse(805R) - GACTACHVGGGTATCTAATCCRunning1) cutadapt로 프라이머 제거qiime cutadapt trim-paired \ --i-demultiplexed-sequences output/demux.qza \ --p-front-f CCTACGGGNGGCWGCAG \ --p-front-r GACTACHVGGGTATCTAATCC \ --o-trimmed-se.. [QIIME2] QIIME2 실습 - (1) 데이터 준비 및 데이터 Import 데이터 준비 🌱BioProject : PRJNA1156939- 30명의 소아 크론병 환자(치료 전)의 대변, 대장 및 말단 회장 샘플 및 비슷한 연령의 건강한 대조군 36명의 대변 샘플 (16S rRNA의 V3-V4)SourceCaseCountStoolPatient30StoolHealthy36ColonPatient30Terminal ileum Patient 30 1) Fastq 파일 다운로드 받기ENA Broswer에서 Download report을 클릭하여 해당 프로젝트의 메타데이터를 다운로드 받을 수 있으며, 다운로드 받은 TSV 파일에는 각 샘플별로 ftp 주소를 확인 할 수 있습니다.ENA Broswer에서 fastq_ftp 주소 얻는 방법더보기# download.shmkdir -p /root/.. 이전 1 다음
